《翁同日记》共47册，始于咸丰戊午年，即1858年，终于光绪三十年甲辰，1904年。另有翁氏1849、1850年间的己酉南归应试和庚戌恭赴西陵日记，这是目前发现的翁氏较早的日记，内容主要为青年游历见闻，其中有对焚毁前圆明园物事的详细记述，对研究相关历史有重要价值。此外还有《壬戌日》单独成册，专录清同治元年（1862）七月至九月间翁同典试山西事。日记主体涵盖了几乎晚清历史上的所有军国大事，包括辛酉政变、甲午海战、议立皇储（光绪）等，足可补正史之阙。