《环境微生物实验/中国海洋大学环境科学与工程国家级实验教学示范中心系列教材》共分为五个部分，第一部分为基础实验技术、第二部分为现代环境微生物实验技术、第三部分为环境中的微生物、第四部分为污染物的微生物处理技术、第五部分为设计性实验，共37个实验。基础实验技术部分注重实验内容的系统性和连贯性；现代环境微生物实验技术部分注重实验内容的先进性和可操作性，并对环境微生物常用分析检测仪器的原理及使用操作逐一介绍；环境中的微生物部分注重实验内容的开拓性，并涉及不同的环境，体现了教材的“环境”特色，尤其突出“海洋”特色；污染物的微生物处理技术部分注重内容的实用性并兼顾可操作性，使学生能够得到实际应用训练；设计性实验注重实验的实施程序。