《企业内部控制配套指引操作指南》共分为五篇：第一篇：概论。包括两章，第一章梳理了企业内部控制发展历史逻辑，阐明企业内部控制产生和发展的必然性；并介绍了《企业内部控制基本规范》的内容；第二章主要从理论的高度阐明了企业内部控制制度在维护和发展资本市场，促进企业提高经营管理水平的作用。
　　第二篇：企业内部控制内部环境类应用操作指引。本篇分五章，分别就组织架构、发展战略、人力资源、社会责任和企业文化进行了详解。
　　第三篇：企业内部控制活动类应用操作指南。本篇分九章，分别就资金活动、采购业务、资产管理、销售业务、研究与开发、工程项目、担保业务、业务外包、财务报告应用指引进行了详解。
　　第四篇：企业内部控制手段类应用操作指南。本篇分四章，分别就涉及企业整体业务或管理的全面预算、合同管理、内部信息传递和信息系统运作指引进行了详解。
　　第五篇：企业内部控制评价与审计操作指南。本篇分两章，分别对企业内部控制评价指引和审计指引进行了详解。