《京津冀区域科技创新发展报告（2016）》共分三篇，区域创新指数篇――从创新资源、知识创造、创新极培育和企业创新、创新绩效和创新环境方面进行创新体系建构，对京津冀三个地区创新情况进行对比分析。
　　跨区域创新指数篇――从创新资源共享、创新合作指数、产业共生效应指数和人才流动指数几方面对京津冀地区间的创新情况进行描述和分析，反映区域间的创新联系。
　　创新合作专题案例篇――希望在京津冀一体化战略实施之际，能为学术界和政策制定者提供借鉴。