本书主要分为三个部分。第一部分讲述Linux操作系统必须掌握的命令, 主要包括: Linux操作系统的介绍、系统基本命令、用户及用户组管理命令、系统检测命令、文件查看命令、文件与目录管理命令、硬件信息查看命令、打包压缩与搜索命令、磁盘管理命令、网络管理命令等基础知识。第二部分讲述Linux高性能计算集群运维常见问题, 主要包括: SSH远程安全登录、GCC升级、Intel Parallel Studio XE的安装、MPICH、OpenMPI、IntelMPI的编译安装、BLAS、LAPACK、ScaLAPACK、FFTW和MKL等数学库的编译安装、PBS作业管理器和HPL测试等。第三部分讲述科学与工程计算软件编译安装实例, 涉及量子化学计算软件、第一性原理计算、分子动力学、材料模拟计算、生物分子体系模拟、计算机辅助药物设计、气象模拟和计算流体力学等领域的15个软件。同时, 由于编译科学计算软件的需要, 在此过程中, 还编译了hdf5、netcdf、libint、libpng、zlib等库文件。