本书分理论篇、应用篇2篇共18章。理论篇包括第一章绪论、第二章遗传算法分析、第三章双程模拟退火、第四章无约束直接搜索法、第五章排雷策略、第六章极值元素算法、第七章双极值组合优化；应用篇包括第八章局部连续控制面模糊算法、第九章自寻优模糊控制器、第十章模糊CMAC神经网的优化、第十一章基于最小生成树的多序列比对算法、第十二章基于极值的多序列比对求精算法、第十三章基于单亲遗传算法的多序列比对等。