《正说台湾古史》利用诸多前人未曾使用的新史料、新方法，提出一些台湾古代史地的新观点：上古中国大陆人已经了解台湾周围的黑潮，可能已经到达台湾，闽浙沿海也有南岛民族，孙吴所征的夷洲和隋朝所征的流求就台湾岛，吴军到达北台湾，接触到赛夏族，隋军到达南台湾，接触到排湾族，南朝和唐朝不是大陆和台湾交流的空白期，南宋侵扰澎湖和福建的毗舍耶人是南台湾的土著，台湾在宋末元初进入东洋航路，明代汉人在台湾最早的聚落魍港位置，林道乾曾在台湾久居，北港渔场兴起的原因，明末台湾地图的新史料，牛津大学新发现的明末闽南商人航海图与台湾的关系。