《学科能力标准与教学指南：初中生物》主要包括三个部分：
　　第一部分，学科教学的指导意见。具体内容包括：（1）阐述初中生物学科的教育教学价值；（2）梳理初中生物学科课程改革取得的成效与经验；（3）发现初中生物学科教学中存在的主要问题；（4）提出进一步推进初中生物学科教学改革的建议。
　　第二部分，学科能力标准与教学指南。依据《义务教育生物学课程标准（2011年版）》，从促进学生学科能力发展的角度提出具体教学建议。具体内容包括：（1）生物学科能力标准整体描述；（2）生物学科能力标准与教学建议。
　　第三部分，教学案例及评析。依据《义务教育生物学课程标准（2011版）》的十个主题选择典型、适宜的教学案例，重在分析每个案例教学目标中的能力培养、教学过程中促进学生能力发展的具体活动和教学策略。《学科能力标准与教学指南：初中生物》共收纳了22个案例，均选自近年北京市各类专题公开课、研究课和教学评比，并由初中生物学科市、区教研员修改并进行点评。