《清代新疆和卓叛乱研究》根据档案文献等第一手史料，全面系统地研究了清代新疆的历次和卓叛乱事件，特别是对每次叛乱事件的产生原因进行了深入的分析，指出清朝统治者在防范境内外敌对势力相互勾结方面的政策失误，以及当时喀什噶尔一带一些人对和卓家族这一宗教贵族的狂热迷信，以至被后者利用，成为实现其政治野心的工具，是为叛乱事件之所以屡次发生的主要原因。此外，书中对乾隆、嘉庆两朝治疆政策进行的比较，对松筠治疆政绩的分析，对“七和卓”名称及阿古柏死因等问题进行的考证，也都具有较高的学术价值和现实意义。