马其顿共和国刑法典总则、分则和附则三部分组成。总则对犯罪与刑罚的一般原理、制度予以规定，具体包括一般条款、犯罪和刑事责任、刑罚、刑罚替代措施、保安处分、对青少年的教育措施和刑罚、法人犯罪之制裁等13章。分则对具体犯罪的犯罪构成及法定刑予以规定，具体包括针对生命和身体的犯罪，针对选举和表决的犯罪、针对工作关系的犯罪、针对性自由和性道德的犯罪等21章。附则是刑法典的过渡及结束条款，对受刑记录的保存移交，相关刑事法律条款的终止及本法典的生效时间予以规定。