《早期与晚清政府：近代转型视野中报纸与官吏关系的考察》以早期《申报》与地方政府的关系为考察视角，从《申报》创办伊始就经历的查禁风波人手，通过典型案例重新解读《申报》的历史面貌和风格特征，展现报纸与地方政府之间的种种冲突，对《申报》商业性报纸的定位作新的评价。
　　 《申报》在对湖丝案、徐壬癸案的报道中批评了官吏的审讯方式，引起官员愤怒，导致报纸与地方官员关系的恶化，并引发了一次查禁风波。湖丝案是《申报》通过报道社会案件涉人官事的早案例之一，而且是有关中外交涉的案件。在这一事件中，《申报》对陈司马审案方式的质疑开启了报纸“纵谈官事，横加谤议”的先例。徐壬癸案本是一起普通的民事案件，上海县令未审而断，并动用了残酷的刑讯手段，引起西人舆论大哗。报纸的介入使徐壬癸事件成为东西方价值观冲突的一个缩影。《申报》在报道徐壬癸案过程中的前后态度的变化显示了中国传统报人对西洋制度理念的认可。
　　 杨月楼案本身是一起普通的民事纠纷，但其中涉及的通奸、韦女的广东人身份、上海县令的广东籍贯、《申报》对此事的连续报道及所持立场等诸多戏剧性因素，使这一起民事案件成为著名的公众舆论事件，甚至演变为本地人与广东人的对抗，并引起一系列连锁反应。杨月楼事件很大程度上是地域文化冲突的典型展现，《申报》和上海地方官员因杨月楼案而彻底交恶。官员为了制衡《申报》，不惜另办报馆以对抗。