《钓鱼岛问题文献集：清季琉球交涉档案》主要收录了中国历史档案馆所藏部分宫中朱批奏折档案，台湾银行经济研究室编辑的《同治甲戌日兵侵台始末》以及台湾大通书局印行的《道咸同光四朝奏议选辑（全）》、《清光绪朝中日交涉史料选辑（全）》。另外，李鸿章、何如璋等人为晚清中日交涉中的重要人物。本册也选录部分《李鸿章全集・信函》和《茶阳三家文钞》中的有关文献，作为官方文档之补充。