《公众人文素养读本：流传千年的日本神话故事》编者根据故事的主题大致分为了历史人文篇、道德内省篇、风土民情篇、爱情奇缘篇四个部分，以方便读者的阅读和理解。
　　历史人文篇，主要是日本远古的神话和有关历史事件、历史人物的传说。这里，日本对民族形成的想象，对历史人物或历史事件的解读可见一斑。如《速须佐之男命大闹高天原》《加贺骚动》《百合若传奇》等。
　　道德内省篇，主要是跟一些社会道德和为人准则有关。比如《老年人的智慧》就以传奇的故事告诉人们，要重视老年人的智慧和能力；《博雅与蝉丸》是说做人要守信；《青门洞》重在说明凡事只有不断坚持，才能获得成功；《火男》则告诫人们不要太过贪心。
　　风土民情篇，主要跟日本各地风土民情的形成有关，很多颇具独特性，离奇有趣。如《北海道的小人族》中那些娇小可爱的小人族；《仙台的“福神”》中傻里傻气却能给他关注的店家带来生意的四郎；《安寿与厨子王》中母亲和子女凄惨分离，各自飘零，终于相见，却因为误会而被母亲活活打死的安寿；《八郎太郎》中因暴喝河水而变成巨龙的离奇经历。
　　爱情奇缘篇，主要是一些中日爱情的美丽传说，以及其他证明爱情不可思议的力量的传奇。如《龙伯与凤子》中来自中国富有责任感的龙伯和美丽热情的日本女子凤子，彼此爱慕并且乐于为人民奉献；《山茶花》中日本勤劳朴实的年轻人小春太郎，被他自己精心培育的山茶花所变的女孩阿茶所青睐；《微笑的头颅》讲述了一对青年男女，情投意合而私订终身，却因男子父亲的门第观念，不能终成眷属的爱情悲剧。无奈，女子选择心甘情愿地死在男子家中，以求这种方式与心上人相守，乃至人头落地，仍然面带微笑。