作品主人公是一个名叫于小岛的七岁男孩。于小岛和爷爷奶奶住在胶州湾半岛上一座美丽的海滨城市琴岛。于小岛对自己就读的大洋路小学的地下室和地下通道产生了浓厚的兴趣。于是，他和小伙伴丹娃一起开始探险。他们在地下通道里发现了一座神奇的“水晶宫殿”，还遇见了于小岛失踪了三十年的叔叔海波。海波叔叔告诉他们，“水晶宫殿”实际上是一座海洋环保观测站，由一位老人修建。这位老人在暗道里生活了几十年。海波叔叔很钦佩这位老人，于是接替老人，继续完成其未能完成的深海环保事业……