《丰收节的黑影》讲述的故事是米吴和可霏一起参加小象们的重要节日――丰收节。两人得知了三号仓库中水果烂掉的坏消息，经过一番调查，终于找出了水果烂掉的原因。但大家还没来得及高兴，就得知了其它仓库中水果也烂掉的噩耗。米吴可霏带着小象们在仓库周边寻找线索，菌菌小象却频频做出可疑的举动，甚至触动机关，把兽语小象弹飞后独自跑向雨林深处。米吴可霏和小象们沿着痕迹一路追逐，却没有发现一个神秘黑影悄悄跟上了他们。神秘黑影试图抓走落单的栖木小象，米吴等连忙去找栖木小象，但终究晚了一步。待他们赶到仓库时，神秘黑影已经带着昏迷的栖木小象准备离开。