小说的故事发生在19世纪上半世纪美国密西西比河畔的一个普通小镇上。主人公汤姆・索亚幼年丧母，由姨妈收养。一天深夜，他与好朋友哈克贝里・芬到墓地玩耍，无意中目睹了一起凶杀案的发生。因为害怕被凶手发现他们知道这件事，汤姆、哈克贝里带着另一个小伙伴一起逃到一座荒岛上做起了“海盗”，弄得家里以为他们被淹死了，结果他们却出现在了自己的“葬礼”上。经过激烈的思想斗争，汤姆终于勇敢地站出来，指证了凶手。不久之后，在一次野餐活动中，他与他心爱的姑娘蓓姬在一个岩洞里迷了路，整整三天三夜饥寒交迫，面临着死亡的威胁。后来他不但成功脱险，还和好友哈克一起找到了凶手埋藏的宝藏，干成了所有男孩都向往的英雄事业。